JATSS a gelen makale ilgili alan editörü ve baş editör tarafından ön incelemeden geçirildikten sonra intihal yazılım programı IThenticate tarafından taranır.

Benzerlik oranının %20 den fazla olması durumunda makale IThenticate raporu ile beraber yazar(lar)a iade edilir.

Baş editör veya ilgili alan editörü gerekli görmesi halinde makaleyi değerlendirme süreci sırasında tekrar intihal kontrolüne tabi tutabilir.

Makalenin hakem sürecini başarıyla tamamlamış olan yayından önceki son hali son bir kez daha IThenticate yazılımı kullanılarak taranır. Benzerlik oranı %20nin altında ise makale yayınlanır.